පොදු දත්ත විශ්ලේෂණය
SARS-CoV-2 පෙළපත් වල දත්ත සහ චිලියේ ඇති අනුපිළිවෙලින් සාම්පලය ලබා ගත් දිනය ලබා ගත් කොන්සෝර්සියෝ ජෙනෝමාස් CoV2 වෙබ් අඩවියෙන් ලබා ගන්නා ලදි. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. ලබා ගත හැකි විද්‍යුත් තාක්‍ෂණ, දැනුම හා නවෝත්පාදන අමාත්‍යාංශයෙන් පොදු දත්ත වලින් එන්නත් කිරීමේ දත්ත ලබා ගන්නා ලදී https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (නිෂ්පාදනය 83).
බෝවන රෝග විනිශ්චය
අපි කලින් විස්තර කළ පරිදි විවිධ SARS-CoV-2 ස්පයික් ප්‍රෝටීන රැගෙන යන ව්‍යාජ වෛරස් සකස් කර ඇත12. කෙටියෙන් කිවහොත්, එච්අයිවී -1 මත පදනම් වූ එස්ඒආර්එස් -2 කෝවි -293 ව්‍යාජ ආකෘති නිපදවා ඇත්තේ පීඑන්එල් 4.3 Δ එන්ව්-ලූක් සමඟ අනුරූපී පීසීඩීඑන්ඒ-සාර්ස්-කෝවි -2 ස්පයික් කේතීකරණ දෛශිකය 1: 1 මවුලික අනුපාතයකින් සම්ප්‍රේෂණය කිරීමෙනි. සී-ටර්මිනල් අන්තයේ (එස් -19) අවසාන ඇමයිනෝ අම්ල 19 නොමැති කෝඩන් ප්‍රශස්තිකරණය වැඩි කරන ලද ප්ලාස්මිඩ්ස්, එන්ඩොප්ලාස්මික් රෙටිකියුලමේ රඳවා තබා ගැනීම වළක්වයි.12 ජාන සංශ්ලේෂණය හෝ අභිරුචිකරණය කරන ලද වෙබ් අඩවි අධ්‍යක්‍ෂණය කරන ලද විකෘතිතාවයෙන් (ජීන්ස්ක්‍රිප්ට්) ලබා ගත් අතර පහත සඳහන් විකෘති අඩංගු විය: A (යොමු අනුපිළිවෙල), පෙළපත බී (ඩී 614 ජී), පෙළපත බී.1.1.7 (Δ69-70, 144, එන් 501 ය, ඒ 570 ඩී, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), පෙළපත P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) සහ ටී .37 (G75V76) 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). සෑම ව්‍යාජ සැකසුමක්ම කාමර උෂ්ණත්වයේ දී 859 ආර්පීඑම් හි කේන්ද්‍රාපසාරීකරණය මඟින් ඉවත් කර, එච්අයිවී -3,000 ගග් පී 1 ක්වාන්ටිකයින් එලිසා කට්ටලය (ආර් ඇන්ඩ් ඩී සිස්ටම්) භාවිතයෙන් ප්‍රමාණාත්මකව 24% කළල ගොරෝසු සීරම් (සිග්මා-ඇල්ඩ්‍රිච්) වලින් ලබාගෙන -50 ° C දක්වා ගබඩා කර ඇත. භාවිත. HEK-ACE80 සෛල ආසාදනය කිරීම සඳහා විවිධ ව්‍යාජ වෛරස් වර්‍ග (HIV-1 p24 ප්‍රෝටීන් වල මට්ටම අනුව නිර්ණය කරන ලද) භාවිතා කරන ලද අතර පැය 2 කට පසු, ෆ්ලයිෆ්ලයි ලුසිෆෙරේස් ක්‍රියාකාරිත්වය මනිනු ලැබුවේ ග්ලෝමැක්ස් 48 මයික්‍රොප්ලේට් එකක ලුසිෆෙරස් ඇසේ ප්‍රතිකාරක ලුමිනෝමීටරය (ප්‍රොමේගා).
උදාසීන කිරීමේ විශ්ලේෂණය
ව්‍යාජ වෛරස් උදාසීන කිරීමේ විශ්ලේෂණයන් අපි කලින් විස්තර කළ පරිදි අත්‍යවශ්‍යයෙන්ම සිදු කරන ලදී12. කෙටියෙන් කිවහොත්, ප්ලාස්මා සාම්පල (1: 4 සිට 1: 8748) දක්වා අනුක්‍රමීය දියාරු කිරීම් ඩීඑම්ඊඑම් හි 10% කළල ගව මස් සීරම් සමඟ සකස් කර 5h C දී 24h තුළ සෑම ව්‍යාජ වෛරසයකම p1 37 ng සමඟ ඉන්කියුබේට් කරන ලද අතර පසුව 1 × 104 සෑම ළිඳකටම HEK-ACE2 සෛල එකතු කරන ලදි. ව්‍යාජ වෛරසය (පෙළපත A) සමඟ තැන්පත් කර ඇති HEK293T සෛල (ඒසීඊ 2 ප්‍රකාශ නොකර) aණාත්මක පාලනයක් ලෙස භාවිතා කරන ලදී. පැය 48 කට පසු සෛල සෛල වසා දැමූ අතර, ෆ්ලයිෆ්ලයි ලුසිෆරස් ක්‍රියාකාරිත්වය මනිනු ලැබුවේ ග්ලෝමැක්ස් 96 මයික්‍රොප්ලේට් ලුමිනෝමීටරයක (ප්‍රෝමෙගා) ලුසිෆෙරස් ඇසේ ප්‍රතික්‍රියාකාරක (ප්‍රෝමේගා) භාවිතා කරමිනි. එක් එක් දියාරු කිරීම සඳහා උදාසීන කිරීමේ ප්‍රතිශතය ගණනය කරන ලද අතර සෑම සාම්පලයකම ID50 ගණනය කරන ලද්දේ ග්‍රැප් පෑඩ් ප්‍රිස්ම් 9.0.1 සංස්කරණයෙනි.
සංඛ්යාන විශ්ලේෂණ
9.1.2 ග්‍රැප් පෑඩ් ප්‍රිස්ම් මෘදුකාංග සංස්කරණය භාවිතයෙන් සංඛ්‍යානමය විශ්ලේෂණ සිදු කරන ලදී. SARS-CoV-2 ව්‍යාජ වෛරස් පැනලයකට එරෙහිව ප්‍රතිදේහ නාශක උදාසීන කිරීම සඳහා කණ්ඩායම් කණ්ඩායම් සැසඳීම් මෙන්ම ලිංගික හා දුම තත්ත්වය අනුව NAbs ප්‍රතිචාර සංසන්දනය කිරීම යුගල කළ විල්කොක්සන් අත්සන් කළ ශ්‍රේණිගත පරීක්‍ෂණයකින් සිදු කරන ලදී. හැඳුනුම්පතෙහි ජ්‍යාමිතික මධ්‍ය තත්ත්‍වයේ වෙනස ලෙස සාධක වෙනස් වීම ගණනය කෙරිණි50 වල් වර්ගයේ ව්‍යාජ වෛරසයට සාපේක්ෂව. NAbTs සහ වයස හෝ BMI අතර සහසම්බන්ධතා විශ්ලේෂණය සිදු කළේ ස්පියර්මන්ගේ පරීක්‍ෂණයෙනි. බෝවන රෝග පිළිබඳ සංඛ්‍යානමය විශ්ලේෂණය සඳහා එක් පැත්තක ඇනෝවා සහ ටුකීගේ බහුවිධ සංසන්දන පරීක්‍ෂණය සිදු කරන ලදී. P අගය ≤0.05 සංඛ්‍යානමය වශයෙන් වැදගත් ලෙස සැලකේ.
සදාචාරාත්මක අනුමැතිය
අධ්‍යන ප්‍රොටෝකෝලය යුනිවර්සිඩාඩ් ද චිලියේ (ව්‍යාපෘති N ° 0361-2021 සහ N ° 096-2020) සහ ක්ලැනිකා සැන්ටා මරියා (ව්‍යාපෘති N ° 132604-21) හි වෛද්‍ය පීඨයේ ආචාර ධර්ම කමිටුව විසින් අනුමත කරන ලදී. සියලුම පරිත්‍යාගශීලීන් දැනුවත් කැමැත්තට අත්සන් කළ අතර ඔවුන්ගේ සාම්පල නිර්නාමික විය.
ලැම්ඩා ප්‍රභේදයේ ස්පයික් විකෘතිතාවන්ගෙන් ආසාදනය හා ප්‍රතිදේහ උදාසීන කිරීම කෙරෙහි ඇති කරන බලපෑම
ජුනි 3695 දිනට අනුව චිසායි හි අනුපිළිවෙල 24 ක විශ්ලේෂණයක් GISAID හි තැන්පත් කර ඇතth 2021 SARS-CoV-2 ප්‍රභේදයන් වන ගැමා සහ ලම්බ්ඩා වල අවසාන ත්‍රෛමාසික ගිණුම්කරණයේදී 79% ක්ම සියළුම අනුපිළිවෙලෙහි පැහැදිලිව ආධිපත්‍යය පෙන්නුම් කරයි.
සිත්ගන්නා කරුණ නම්, මෙම කාල පරිච්ඡේදය දැවැන්ත එන්නත් කිරීමේ ව්‍යාපාරයකින් සංලක්ෂිත වී ඇති අතර, ඉලක්කගත ජනගහනයෙන් 65.6% ක් (වයස අවුරුදු 18 සහ වැඩිහිටියන්) ජුනි 27 වන විට සම්පූර්ණ එන්නත් කිරීමේ යෝජනා ක්‍රමය ලබා ඇත.th 2021
සම්පුර්ණ යෝජනා ක්‍රමය මඟින් එන්නත් කරන ලද පුද්ගලයින්ගෙන් 78.2% කටත් සයිනෝවාක් බයෝටෙක් ආයතනය මඟින් කොරොනාවැක් නම් අක්‍රීය වෛරස් එන්නත ලබා ගත් හෙයින්, මෙම එන්නත මඟින් නිපදවන ප්‍රතිදේහ වල උදාසීන කිරීමේ ධාරිතාව කෙරෙහි ලැම්ඩා ප්‍රභේදයේ ඇති කරල් විකෘති වල බලපෑම ගැන සොයා බැලීමට අපි උත්සාහ කළෙමු.
මේ සඳහා අපි වුහාන් -1 යොමු පරම්පරාව (වල් වර්ගය; පෙළපත ඒ), ඩී 2 ජී විකෘතිය (පෙළපත බී) සහ ඇල්ෆා (පෙළ බී) වලින් ස්පයික් ප්‍රෝටීන් රැගෙන යන එච්අයිවී -1 පදනම් කරගත් SARS-CoV-614 ව්‍යාජ වෛරස් උත්පාදනය කළෙමු. .1.1.7), ගැමා (පෙළපත පී .1) සහ ලැම්ඩා (පෙළපත් සී .37) ප්‍රභේද.
වෛරස් සැකසීමේදී, ලැම්බ්ඩා ස්පයික් ප්‍රෝටීන් මඟින් බෝවන රෝග බෝවන බව පෙන්නුම් කරන ඩී 614 ජී විකෘති හෝ ඇල්ෆා සහ ගැමා ප්‍රභේද සමඟ සසඳන විට ලැම්බ්ඩා ස්පයික් රැගෙන යන ව්‍යාජ වෛරසයෙන් ආසාදනය වූ සෛල සැලකිය යුතු ඉහළ ජෛව විකාශන අගයන් නිපදවන බව අපි නිරතුරුවම නිරීක්ෂණය කළෙමු.
රූපය 1.විවිධ ස්පයික් ප්‍රෝටීන මඟින් මැදිහත් වන ආසාදනය.
(අ) SARS-CoV-2 ස්පයික් ප්‍රෝටීන් වල ක්‍රමානුකූල නිරූපණය සහ මෙම අධ්‍යයනයේදී භාවිතා කරන ප්‍රභේද. පරම්පරාව වරහන් තුළ දක්වා ඇත. ආර්බීඩී, ප්‍රතිග්‍රාහක-බන්ධක වසම, සීඑම්; සයිටොප්ලාස්මික් වලිගය.
(B) HIV-1 p24 සමාන ප්‍රමාණ භාවිතා කරමින් එක් එක් පෙළපතෙහි ව්‍යාජ මාදිලි ටයිටේෂන් කිරීම. ෆයර්ෆ්ලයි ලුසිෆෙරේස් ක්‍රියාකාරිත්වය මනිනු ලැබුවේ ආසාදනයෙන් පසු පැය 48 දී සාපේක්ෂ දීප්ති ඒකක (ආර්එල්යූ) ලෙස ය. සාමාන්‍යය සහ එස්ඩී ගණනය කරන ලද්දේ නියෝජිත ත්‍රිත්ව අත්හදා බැලීමකිනි.
ඊළඟට, චිලී හි සන්තියාගෝ හි යුනිවර්සිඩාඩ් ද චිලියේ සහ ක්ලැනිකා සැන්ටා මාරියා හි සෞඛ්‍ය සම්පන්න සෞඛ්‍ය සේවකයින්ගේ ප්ලාස්මා සාම්පල 79 ක් භාවිතා කරමින් උදාසීන කිරීමේ විශ්ලේෂණ සිදු කිරීම සඳහා අපි ඉහත සඳහන් ව්‍යාජ වෛරස් භාවිතා කළෙමු.
ID4 ටයිටරයක් ගණනය කිරීමට නොහැකි වූ බැවින් අපි සාම්පල 50 ක් බැහැර කළෙමු. විශ්ලේෂණය කරන ලද සාම්පල වලින් 73% ක් කාන්තාවන්ට අනුරූපී, මධ්‍යම වයස අවුරුදු 34 (IQR 29 - 43) සහ ශරීර උපරිම දර්ශකය (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). එන්නත් කිරීමේ කාලය පැවති අතර සහභාගී වූ අයගෙන් 20.5% ක් ක්‍රියාකාරී දුම් පානය කරන්නන් බව ප්‍රකාශ කළහ. කොරොනාවැක් එන්නතෙහි දෙවන මාත්‍රාවෙන් දින 95 ක (IQR 76 - 96) මධ්‍යස්ථව සාම්පල ලබා ගන්නා ලදී.
වයිල්ඩ් ස්පයික් ප්‍රෝටීන් රැගෙන යන ව්‍යාජ වෛරසය උදාසීන කිරීමෙන් 50% ක් නිෂේධක දියාරු වීමක් සිදු වූ බව අපි නිරීක්ෂණය කළෙමු (හැඳුනුම්පත50) සාමාන්‍යයෙන් 191.46 (154.9 - 227.95, 95% සීඅයි), 153.92 (115.68 - 192.16, 95% සීඅයි), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% සීඅයි), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% සීඅයි) ) සහ ඩී.
හැඳුනුම්පතේ ජ්‍යාමිතික සාමාන්‍ය තත්ත්වය බව ද අපි නිරීක්ෂණය කළෙමු50 ලැම්ඩා ස්පයික් රැගෙන යන ව්‍යාජ වෛරසය සඳහා ටයිමර් 3.05 (2.57 - 3.61, 95% සීඅයි), ගැමා ස්පයික් සඳහා 2.33 (1.95 - 2.80, 95% සීඅයි), 2.03 (1.71 - 2.41, 95% සීඅයි) වල් ආකාරයේ ස්පයික් හා සසඳන විට ඩී 1.37 ජී ස්පයික් සඳහා ඇල්ෆා ස්පයික් සඳහා සහ 1.20 (1.55 - 95, 614% සීඅයි).
අපගේ අධ්‍යයන කණ්ඩායම තුළ ලිංගිකත්වය, වයස, ශරීර ස්කන්ධ දර්ශකය (බීඑම්අයි) හෝ දුම් වල තත්වය සහ උදාසීන ප්‍රතිදේහ ටයිටර අතර කිසිදු සම්බන්ධයක් දක්නට නොලැබුණි.
රූපය 2.කොරොනාවැක් එන්නත් වල ප්ලාස්මා සාම්පල භාවිතයෙන් උදාසීන කිරීමේ පරීක්‍ෂණය
(අ) අන්‍යෝන්‍ය 50% උදාසීන කිරීමේ ටයිටරයේ වෙනස්කම් (හැඳුනුම්පත50) ඩී 75 ජී (පෙළපත බී), ඇල්ෆා (පෙළපත බී .614) ට එරෙහිව කොරොනාවැක් එන්නත ලබා ගත් 1.1.7 දෙනකුගේ ප්ලාස්මා සාම්පල වල,
වල් ආකාරයේ වෛරස් හා සසඳන විට ගැමා (පෙළපත පී .1) සහ ලැම්ඩා (පෙළපත් සී .37) ප්‍රභේද. ගැලපෙන සාම්පල වල උදාසීන කිරීමේ ටයිටර වල වෙනස ලෙස ප්‍රතිඵල පෙන්වයි. හැඳුනුම්පත සංසන්දනය කිරීම සඳහා පී අගයන්50 විල්කොක්සන් අත්සන් ශ්‍රේණියේ පරීක්ෂණයෙන් ගණනය කෙරේ.
(ආ) පෙට්ටි බිම් වල හැඳුනුම්පතේ මධ්‍ය සහ අන්තර් මායිම් පරාසය (IQR) දක්වා ඇත50 සෑම ව්‍යාජ වෛරසයක් සඳහාම. හැඳුනුම්පතෙහි ජ්‍යාමිතික මධ්‍ය ටයිටරයේ වෙනස ලෙස සාධක වෙනස්වීම් පෙන්වයි50 වල් වර්ගයේ ව්‍යාජ වෛරසයට සාපේක්ෂව. විල්කොක්සන් ගැලපුම් යුගල අත්සන් ශ්‍රේණියේ පරීක්‍ෂණය භාවිතයෙන් සංඛ්‍යානමය විශ්ලේෂණ සිදු කරන ලදී.
චිලී සහ දකුණු ඇමරිකානු රටවල අධික ලෙස සංසරණය වන අලුතින් පිළිගත් ලැම්බ්ඩා ප්‍රභේදයේ ස්පයික් ප්‍රෝටීන් මඟින් වැඩි ආසාදනයක් සහ කොරෝනා වැක් මගින් ඇති කරන ප්‍රතිදේහ උදාසීන කිරීමේ ක්‍රියාවලියෙන් ගැලවීමේ හැකියාව ද ලබා දෙන බව අපගේ දත්ත එකට හෙළිවිය.
මෙම ලිපියෙන් ඉවත් කළ යුතු දේ:
- An analysis of 3695 sequences from Chile deposited at GISAID as per June 24th 2021 shows a clear dominance of the SARS-CoV-2 variants Gamma and Lambda during the last trimester accounting, together, for the 79% of all sequences.
- Different amounts of pseudotyped viruses (as determined by the levels of the HIV-1 p24 protein) were used to infect HEK-ACE2 cells and 48 hours later, firefly luciferase activity was measured using the Luciferase Assay Reagent (Promega) in a Glomax 96 Microplate luminometer (Promega).
- 2% of the people inoculated with a complete scheme received the inactivated virus vaccine CoronaVac from Sinovac Biotech, we sought to investigate the impact of the spike mutations present in the Lambda variant on the neutralizing capacity of antibodies elicited by this vaccine.
